基因学苑生物云平台使用说明

四、使用容器管理生物软件

我们的生物云平台可以访问国际网络，因此可以使用docker或者apptainer等容器技术，一些比较复杂的软件，可以通过容器来安装。

1 使用docker安装软件

BioContainers 是一个社区驱动的项目，它为创建、管理和分发生物信息学包（例如 conda）和容器（例如 docker、singularity）提供基础设施和基本指南。BioContainers 基于流行的框架 Conda、Docker 和 Singularity。

biocontainer提供了另外一种选择，当conda环境比较乱的时候，可以选择容器技术。

https://biocontainers.pro/

https://biocontainers-edu.readthedocs.io/en/latest/introduction.html

常见容器管理命令

docker ps：查看正在运行的容器。

docker ps -a：查看所有容器（包括已停止的）。

docker rm 容器ID：删除已停止的容器。

docker images：查看已下载的镜像。

docker rmi 镜像ID：删除不再需要的镜像，节省空间。

案例：使用docker安装qiime2

# 安装qiime2
docker pull quay.io/qiime2/amplicon:2025.10

# 测试软件
docker run \
  -v $(pwd):/data \
  -it quay.io/qiime2/amplicon:2025.10 \
  qiime info
  
#安装 blast
docker pull biocontainers/blast:2.2.31
docker run biocontainers/blast:2.2.31 blastp -help   

2 使用apptainer安装软件

Apptainer（原名 Singularity）是一款轻量级容器工具，专为高性能计算和科学研究设计。它允许用户在多种环境中运行相同的软件工具，同时保证高效、安全和可重复性。与 Docker 不同，Apptainer 专注于无 root 权限的安全运行，特别适用于 HPC 集群和实验室环境。

利用Apptainer安装google deepvariant
apptainer pull docker://google/deepvariant

3 自己打包容器

#下载镜像
 apptainer pull ubuntu.sif docker://ubuntu:latest
 
 #创建沙盒
apptainer build --sandbox --fakeroot  ubuntu ubuntu.sif
 
 #进入沙盒
 apptainer shell --writable --fakeroot ubuntu
 
 #安装软件
 apt update
 apt install -y bwa
 apt install -y bwa
 apt install -y samtools
 apt install -y bcftools
 apt install -y ncbi-blast+
 apt install -y bedtools
 apt install -y seqtk
 apt install -y minimap2
 apt install -y bowtie2

#打包软件
apptainer build --fakeroot bio.sif ubuntu

#运行软件
 ./bio.sif bwa
 ./bio.sif samtools