安装和使用 VSCode | 技术文档

十、安装和使用vscode

vscode是一款文本编辑器，是高级版本的记事本，通过vscode可以配置和运行各种语言，例如常用的python，R，c，c++等都可以在vscode中进行编辑，如果习惯使用vscode，也可以通过vscode远程访问服务器，然后配置python和R数据分析环境。相比于positron，vscode需要单独安装插件来配置分析环境。

1 为什么要使用vscode？

vscode是流行的文本编辑器，可以用来打开各种扩展名的生物数据；

可以配置成python编程环境，用来学习和开发python程序；

配置成R分析环境，运行R代码和R绘图；

通过vscode可以远程ssh登录云服务器；

vscode可以作为本地终端使用；

posit公司的新一代R集成开发环境Positron采用vscode作为框架；

vscode通过插件可以打开jupyter进行数据分析；

通过插件vscode可以直接打开服务器中的pdf，图片以及网页文件；

通过sftp插件，可以同步文件；

vscode相比pycharm，打开速度更快；

vscode集成了github

vscode可以直接调用github Copilot AI编程；

cusor AI编程基于vscode开发；

trae AI编程直接在vscode中使用；

Codespaces可以直接在vscode中打开；

github代码直接在github.dev的vscode中打开查看；

集成docker功能，dev container直接创建开发环境；

综上，vscode是一款集大成的工具，我们日常很多生物信息分析的工作，都可以在vscode中完成，目前vscode已经是学习生物信息中必须要掌握的一款工具。

2 安装和使用vscode

vscode官网：https://code.visualstudio.com/

下载vscode：https://code.visualstudio.com/Download

vscode文档：https://code.visualstudio.com/docs

3 配置vscode

vscode的绝大部分功能都是通过插件完成的。接下来介绍如何在vscode中安装和使用插件。vscode的插件有很多种，而且有很多插件实现相同的功能，最好选择官方出品的插件和下载量较大的插件。

打开vscode，选择左侧菜单，或者直接按快捷键“ctrl+shfit+x”，在插件应用商店中搜索插件，

下面列出一些常用的插件：

Chinese（Microsoft）：简体中文菜单

Remote Development（Microsoft）：远程开发套件，通过ssh远程连接服务器

Aura Dark：vscode主题

eva（fisheva）：vscode主题

Material Icon Theme（Philipp Kief）：文件图标

Live Preview（Microsoft）：网页预览

PDF Viewer（Mathematic Inc）：预览PDF文档

markdownlint（David Anson）：查看markdown文件

GitHub Codespaces（GitHub）：Codespaces

GitHub Copilot（GitHub）：Github AI编程助手

Gitpod（Gitpod）：gitpod官方工具

sftp（Naizyskunk）：sftp同步工具。

4 vscode远程开发

vscode通过SSH可以直接连接服务器，并通过sftp插件同步数据。vscode的远程开发功能通过Remote Development插件实现。

1、安装ssh插件

ctrl+shift+x，打开vscode扩展，搜索Remote Development插件，该插件带有remote-ssh功能。

2、自动登录

该过程不是必须，为了使用方便，可以设置自动登录功能，如果不设置，也可以每次输入密码，windows系统打开终端命令行，通过ssh-keygen生产密钥对，将公钥上传至服务器。该公钥与登录vscode的一样。当然也可以设置不同的密钥对，实现对不同设备的登录。在windows终端中输入ssh-keygen命令。

3、上传密钥

wangtong@DESKTOP-KK83803 MINGW64 ~/.ssh
$ ssh-copy-id -p 10088 [bioinfo@v5.tongyuangene.com](mailto:bioinfo@v5.tongyuangene.com)

安装了git bash，可以直接使用ssh-copy-id命令传输密钥。如果没有安装，在windows系统下可以使用如下命令，注意需要将用户名切换到自己的用户名，服务器用户名和IP地址也要更换。下面代码仅作为演示。

type C:\Users\wangtong\.ssh\id_ed25519.pub | ssh -p 10088 bioinfo@v5.tongyuangene.com "cat >> .ssh/authorized_keys"

4、配置config文件

最后在本地vscode配置文件config中添加本地密钥文件。

# Read more about SSH config files: https://linux.die.net/man/5/ssh_config

Host V5
    HostName v5.tongyuangene.com
    User bioinfo
    Port 10088
    IdentityFile "C:\Users\genom\.ssh\id_ed25519"

Host V1
    HostName v1.tongyuangene.com
    User wangtong
    Port 30003
IdentityFile "C:\Users\genom\.ssh\id_ed25519"
Host *
    ServerAliveInterval 30

5 vscode的sftp功能

vscode目前没有官方的sftp工具，有一些第三方的sftp插件，例如sftp（Naizyskunk）等，只能实现简单的数据同步，还无法实现filezilla等稳定的数据传输以及断点续传功能。只能实现一些小的代码和数据同步功能，不适合用来传输和同步大文件。

该功能可以用于远程开发，例如在本地编辑脚本，通过sftp传输至服务器端运行。

安装完成之后需要对sftp插件进行设置。

“ctrl + shift + p”，然后选择sftp：config打开配置文件；

{
    "name": "v5",
    "host": "v5.tongyuangene.com",
    "protocol": "sftp",
    "port": 10088,
    "secure": true,
    "username": "bioinfo",
    "remotePath": "/ifs1/User/bioinfo/git-demo",
    "uploadOnSave": true
}

6 远程查看文件

通过vscode远程连接服务器，无需下载，即可通过插件远程查看各种文件。vscode可以通过下面的插件查看常用文件。

Live Preview（Microsoft）：网页和图片浏览

PDF Viewer（Mathematic Inc）：预览PDF文档

markdownlint（David Anson）：查看markdown文件

Data Wrangler（Microsoft）: 查看处理excel表格

7 vscode快捷键

使用vscode一定要使用快捷键，这样可以极大提高编写代码的效率。windows中采用Ctrl，如果是mac系统，替换为Command。一些快捷键与微软其他程序相似。

8 在vscode中使用git

vscode集成了git功能，可以在vscode中直接使用git。而且可以非常直观地显示每次提交代码的更改情况。

9 运行python

想要在vscode中运行python，除了系统中已经安装了python解释器，还需要安装一些vscode插件。

9.1 安装python和jupyter插件

安装完vscode之后还不能直接运行python，需要安装一些插件，vscode可以通过安装插件实现各种各样的功能。

打开vscode，选择左侧菜单，或者直接按快捷键“ctrl+shift+x”，在插件应用商店中搜索插件，如果有微软官方提供的版本，尽量选择官方版本。需要一些必要插件。

Python：连接vscode与python解释器

Jupyter：运行jupyter

Python Indent：python：控制python缩进

Snippets：自动补全代码

安装jupyter插件，这样就可以直接打开jupyter文档了。

9.2 vscode中运行jupyter

启动vscode，新建一个python文件或者jupyter文件。编辑代码，按Ctrl+F5快捷键运行python。

print('Hello Python World!')

新建一个jupyter文件，选择Anaconda解释器，可以直接打开jupyter文件，支持绘图显示。

vscode本身可以创建多个窗口，一边显示代码，一边进行操作。

9.3 在jupyter中进行数据分析

Jupyter原来称为ipython notebook，所以扩展名为”.ipynb”。现在改为jupyter notebook。Jupyter内核为ipython。相比于ipython，除了可以交互式运行之外，还额外支持markdown文本，支持显示绘图等。可以将文本，代码，运行结果以及绘图保存到同一个文件内，直接转换为报告。

此外，目前jupyter除了支持python，还支持R等多种语言，只需配置相应的内核即可。

https://code.visualstudio.com/docs/datascience/jupyter-notebooks#_run-by-line

新建一个”.ipynb”文件，或者用vscode打开ipynb文件。

9.4 jupyter快捷键

Ctrl+Enter：运行cell

Shift+ Enter：运行cell并跳转到下一个cel

A：添加cell

B：添加Markdown

M：当cell被选中时，M切换为markdown模式

Y：当cell被选中时，Y切换为code模式

dd：当cell被选中时，dd删除整个cell

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