基因学苑生物云平台使用说明

五、 生物数据库目录

服务器内置了大量生物数据库，并且我们一直在添加更新和添加新内容，如果里面不包含需要的数据库，可以联系管理员添加。

数据库所在目录：/ifs1/Database/

注：付费数据库无法提供。

├── checkm ： #checkm数据库
├── db.list ： #数据版本列表
├── eggnog # eggnog基因功能注释数据库
├── gatk  # gatk软件数据库
├── gtdbtk_r220_data/ # GTDB数据库
├── humann2_databases  # humann2物种分类数据库
├── humann3_databases  # humann3物种分类数据库
├── k2_standard_20240904 # kraken2物种分类数据库
├── kneadData_databases   # keaddata质控过滤数据库
├── kraken  # kraken1数据库 
├── metaphlan4  # metaphlan4物种分类数据库
├── metawrap # metawrap软件配套数据库
├── nr ：blast比对nr库
├── nr_diamond ： diamond比对nr库
├── nt ：blast比对nt库
├── nt_euk ：
├── nt_prok ：
├── nt_viruses  ：
├── plasmid  # 质粒基因组数据库
├── refdata-gex-GRCh38-2024-A  #人基因组STAR比对数据库
├── refdata-gex-mm10-2020-A    # 小鼠基因组STAR比对数据库
├── RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026
├── swissprot ： swissprot数据库 
├── taxonomy  ：物种分类数据库
└── viral  ： 病毒基因组数据库