Rstudio 环境使用 | 技术文档

七、Rstudio环境使用

我们的云服务器里已经配置了Rstudio-server服务软件，可以通过浏览器直接使用R语言分析环境，并且安装了大量R的扩展包。单Rstudio-server社区版本只支持一个版本的R。每个用户只能使用管理员设定的R版本。无法将自己安装的R语言软件在网页端使用，请知悉这点。如果用户想要使用自己安装的R版本，可以通过Positron访问服务器，或者使用命令行版本R。

1 登录Rstudio环境

服务器可以通过浏览器访问Rstudio-server软件使用R语言。通过浏览器，例如Chrome，Firefox，Safari等均可，尽量别使用IE以及360浏览器，可能会登录失败。

登录网址：根据个人购买服务器IP进行登录，比如购买的是通用型v5型号设备，则使用下面地址进行登录http://v5.tongyuangene.com:11088

具体地址也会在登录服务器的欢迎界面给出。

不要使用https。

每台服务器端口号不同，请根据邮箱内提供的端口号使用。

登录账户密码与服务器登录账户密码一致。

只需将v5替换成自己的服务器型号以及对应的端口号即可，例如a2，b2，c1等。

输入账户密码，与登录服务器账户密码相同。登录之后就可以使用Rstudio了。

2 配置自己R环境

如果网页端不包含自己需要的R包，可以自行安装R包。这里建议使用pak包进行安装，Pak 是一个现代化的 R 包管理器，提供快速、可靠和安全的包安装和管理功能。pak可以从 CRAN、Bioconductor、GitHub、URL、git 存储库、本地文件和目录安装R 包。它是 install.packages() and devtools::install_github()的替代项。PAK 快速、安全、方便。

官网：https://github.com/r-lib/pak?tab=readme-ov-file

# 安装单个包
pak::pkg_install("dplyr")

# 安装多个包
pak::pkg_install(c("dplyr", "ggplot2", "tidyr"))

# 安装特定版本
pak::pkg_install("ggplot2@4.0.0")

# 从github安装
pak::pkg_install("tidyverse/tibble")

3 利用bioconda管理R包

Linux系统有很多R包比较难安装，或者需要使用特定版本的R包，这种情况下可以选择使用bioconda来安装和管理R包。

#查看系统当前R版本
$ which R
/usr/bin/R

#利用conda搜索R
$ conda search r-base
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
r-base                         3.1.2               0  pkgs/r              
 conda-forge         
r-base                         3.6.3      h7ed4ef7_0  conda-forge         
r-base                         3.6.3      h7ed4ef7_1  conda-forge         
r-base                         4.0.0      hdca8982_2  conda-forge         
r-base                         4.0.0      hdca8982_3  conda-forge 

#安装R语言
$ conda install -c conda-forge -y r-base=4.5.2

#再次搜索默认R
$ which R
~/miniconda3/bin/R

安装R包

mamba install -n rdata -y r-tidyverse
mamba install -n rdata -y r-monocle3
mamba install -n rdata -y r-seurat
mamba install -n rdata -y r-wgcna
mamba install -n rdata -y r-biocmanager
mamba install -n rdata -y r-wordcloud2
mamba install -n rdata -y r-qqman
mamba install -n rdata -y r-rwordseg
mamba install -n rdata -y r-pheatmap
mamba install -n rdata -y r-maps
mamba install -n rdata -y r-circlize
mamba install -n rdata -y r-ggsci
mamba install -n rdata -y r-ggpubr
mamba install -n rdata -y r-ggthemes
mamba install -n rdata -y r-factoextra
mamba install -n rdata -y r-circlize

修改配置文件

如果想要网页端Rstudio能够调用bioconda安装的R包，需要将R仓库library添加到配置文件中。

#1 创建活打开R配置文件
vim ~/.Rprofile

#2 目录添加到.libpaht
.CUSTOM_LIB1 = "~/miniforge3/lib/R/library/"
.CUSTOM_LIB2 = "/ifs1/Software/miniforge3/envs/R/lib/R/library"
 
.libPaths(c(.CUSTOM_LIB1, .CUSTOM_LIB2, .libPaths()))
 
# 保存退出，打开R，查看默认R包地址
.libPaths()
[1] "~/miniforge3/lib/R/library/"
[2] /ifs1/Software/miniforge3/envs/R/lib/R/library/

基因学苑生物云平台使用说明

七、Rstudio环境使用

1 登录Rstudio环境

2 配置自己R环境

3 利用bioconda管理R包